In het Portugees heet hij Fernão de Magalhães [fer·nau də maĝ·ĝal·ljajsj]. In het Nederlands wordt hij ook aangeduid met Magalaes, Magalhaes, Magalhaens, Magelaan, Magelhaan, Magelhaen, Magelhaens, Magelhaes.
De zeestraat die naar hem vernoemd is, wordt gewoonlijk aangeduid met de Straat Magellaan of de Straat van Magellaan.